La historia comienza cuando Jonathan y su familia visitan un museo de relojes, propiedad de un misterioso y carismático Marqués. Cuando entran en la Sala de los Relojes Extraordinarios, a pesar de las advertencias, su joven y atontada madrastra toca uno de ellos y su alma queda atrapada en su interior (p. 42). Jonathan sólo tendrá doce horas para que el reloj no devore el alma de la desdichada. Para ello necesita encontrar el fabuloso reloj Deveraux, el único que puede salvarla. Éste se encuentra en algún lugar de la Ciudad Oculta, al otro lado del río, la otra cara de la Ciudad Antigua. Allí conocerá a seres sorprendentes, desvelará sus misterios y aprenderá sus normas para poder conservar su vida.