El desarrollo del nippe Descartes se hizo sobre el lenguaje de programación Java que, en teoría, es independiente de la plataforma (Windows, Linux, Macintosh...) sobre la que se presentarán las páginas html confeccionadas con él, lo que debería haber permitido que las escenas de los materiales didácticos del proyecto Descartes se vieran en cualquier ordenador y con cualquier navegador, sin embargo, todas las plataformas y navegadores tienen errores que obligan a los programadores a adaptar los programas en cada caso para salvarlos.

Especialmente en el caso de Linux, que presenta numerosas distribuciones, las dificultades aumentan: Linex (Extremadura), Guadalinex (Andalucía), MAX (Madrid), Lliurex (C. Valenciana)... o las versiones actuales Linex 2004, Guadalinex 2004, Mandrake 10.1 o nuevas que aparezcan. 

No obstante, se está revisando el funcionamiento del nippe Descartes en todas ellas y se están realizando las adaptaciones requeridas, para que funcionen adecuadamente las versiones Descartes 2D y Descartes 3D; estas adaptaciones se han hecho usando la máquina virtual de Java 1.5.0 de Sun Microsystems, que es la que se recomienda instalar para el funcionamiento óptimo, se ha comprobado que otras versiones, en particular las 1.4.xx producen errores por lo que se desestima su uso.

Con la versión de Java 1.5.0 únicamente se observan algunas diferencias en la apariencia del editor de escenas que es algo diferente en Windows y en Linux, sin embargo el funcionamiento en ambos sistemas es correcto.